Asano Inio đã thông báo về manga vào khoảng một năm sau khi kết thúc Solanin. Được khuyến khích từ sự thành công của Solanin, Asano Inio nói rằng đã hoàn thành với "những câu chuyện cảm giác tốt".[1] Bất chấp sự phản đối ban đầu của biên tập viên và nhà xuất bản nơi phát hành ấn bản, Asano Inio đã muốn gắn kết đến cùng với manga. Tổng biên tập của Monthly Sunday Gene-X là Komuro Tokie đã ủng hộ Asano Inio và nói rằng lý do duy nhất để Asano Inio có được khả năng đăng từng số manga là bởi vì thành tích trong quá khứ và danh tiếng từ những tác phẩm trước đó của anh.[2]

Khi bắt đầu lên kế hoạch cho câu chuyện, Asano Inio đã muốn ghi chép lại quá trình trưởng thành của Punpun kéo dài trong 10 năm qua bảy tập truyện.[2] Nửa đầu bộ truyện đã được hỗ trợ xây dựng thành một mối tình lãng mạn, nửa sau bộ truyện khi Punpun và Aiko cùng nhau chạy trốn khá tương đồng với một bộ phim đường phố. Manga đã tăng lên đến tập 13 bởi vì Asano Inio muốn tập trung vào nét vẽ và nhiều nhân vật đã phát triển thêm những câu chuyện phụ của chính họ. Asano Inio đã có ý nhấn mạnh vào các yếu tố thuộc nửa đầu giống như sự điên cuồng của nó để tăng cú sốc cho nửa sau bộ truyện. Với mỗi lần sự đen tối rẽ hướng trong manga và doanh số bán hàng bị giảm xuống, Asano Inio lại hối hận bởi vì độc giả của mình đang dần giảm bớt đi. Asano cảm thấy rằng bản thân nhìn những độc giả của mình như một kẻ thù khi Asano nhận được những lời chỉ trích, điều này đã khiến Asano phản ứng gay gắt hơn và gây ra phản ứng dữ dội hơn. Manga cũng được dùng như một lối thoát cho những nghi ngờ và sợ hãi của Asano Inio, chẳng hạn như nỗi sợ hãi mà chính Asano có thể là một nạn nhân hoặc thủ phạm của vụ mưu sát.[1]

Khi thiết kế Punpun, Asano Inio đã muốn tìm một sự cân bằng giữa việc làm cho nhân vật nam chính của mình quá đẹp trai hay quá xấu xí, và đã quyết định để độc giả tự tưởng tượng ra khuôn mặt của cậu ta.[2] Asano ban đầu có dự định miêu tả tất cả các nhân vật trong manga giống như gia đình Punpun, nhưng người biên tập của Asano không thích ý tưởng đó.[3] Asano đã sử dụng nhiếp ảnh và đồ họa máy tính cho các phần hậu cảnh của manga. Các phần hậu cảnh ngoài trời được tạo ra bằng cách chụp ảnh, rồi chuyển sang định dạng màu đen trắng và in chúng; sau đó các họa sĩ trợ lý của Asano Inio có thể vẽ các phác thảo và nhiều đối tượng lên chúng. Phần nội tâm được tạo bằng phần mềm mô hình 3D, nó có lợi trong việc chụp được những góc quay khó mà máy ảnh không thể thu lại được. Khi được hỏi lý do tại sao bản thân Asano Inio đặt quá nhiều sự chú ý vào hậu cảnh, Asano nói rằng nó cho phép các bản vẽ có tác động nhiều hơn, đặc biệt là khi các nhân vật giống như Punpun đang thiếu đi đặc tính động lực học.[2] Asano sau đó đã hối hận về cách xử lý kỹ thuật số hình ảnh của bản thân bởi vì Asano Inio đã cảm thấy cá nhân Asano đang làm hỏng bút pháp vẽ tay của chính mình.[1]